Mikroskobik( çıplak gözle görülemeyecek kadar küçük olup ancak mikroskop ile görülebilen) organizmaların genel adıdır
Mikroorganizmalar çoğunlukla tek hücreli olsalar da çok hücreli de mevcuttur. Halk asrasında mikrop diye adlandırılır. İnsan sağığna önemli ölçüde olumsuz etkilerler.Tifo, amipli dizanteri, çocuk felci, hepatit a gibi hasalıkların kaynağıdırlar
Yararlı olan mikroorganizmalar da vardır. Ekmek mayası, bira mayası, ayran , yoğurt , peynir yapımında kullanılan kültürler de mikroorganizma grubu içine girerler.sağlık bakanlığı’na bağlı yönetmeliklere göre insanları hasta eden mikroorganizmalar sularda bulunmamalıdır. Tükettiğiniz suda yapılmış olan analizleri firmalardan rahatlıkla talep edebilisiniz.